Guzmán está acusado de ser el jefe de una organización internacional multibillonaria dedicada al tráfico de drogas que ha causado muertes y secuestros.
Durante la audiencia, que duró unas dos horas, el Chapo Guzmán se comunicó mediante un intérprete y pasó buena parte del tiempo mirando a su esposa, presente entre los asistentes, según el diario Chicago Tribune.
El juez autorizó sin embargo que pueda comunicarse con su esposa mediante preguntas y respuestas por escrito.
Sus abogados plantearon que resulta "devastador" para el detenido que no se le permitan visitas conyugales y pidieron que se aliviaran sus condiciones de detención.
El otrora poderoso jefe del cartel de Sinaloa permanece recluido 23 horas por día en una suerte de jaula de seis metros de largo por tres de ancho en un ala del Centro Correccional Metropolitano de Manhattan, Nueva York.
"Nos hemos dado cuenta de que no usaba el sistema financiero, porque no hemos encontrado activos; ni ellos (los fiscales de EEUU) han podido encontrar un dólar", dijo el miércoles el fiscal general de México, Raúl Cervantes, en declaraciones a un programa de TV de su país.
Guzmán fue capturado por última vez en su país en enero de 2016 y extraditado a Estados Unidos un año después.