"Es un asunto de las relaciones bilaterales entre Rusia y Armenia, desde luego", dijo Mammadyarov en una entrevista con Sputnik.
"También es un factor que debe tenerse en cuenta, siempre", añadió.
El ministro recordó que la base se remonta a los tiempos de la Unión Soviética que desplegó en su flanco sur, en la frontera con Turquía que forma parte de la OTAN, un grupo de tropas bastante fuerte.
"Que Rusia y Armenia decidan sobre el caso, pero nosotros también debemos mantener los ojos abiertos, tomando en cuenta los retos y las amenazas", reafirmó.
Rusia mantiene en la base de Gyumri, norte de Armenia, sistemas de misiles antiaéreos S-300B y Buk-M1-2, así como cazas MiG-29, helicópteros de transporte Mi-8MT y de ataque Mi-24P.
Asimismo el canciller expresó el temor de su país por el estado de la única central nuclear de Armenia del mismo diseño que la de Chernóbil.
"Nos preocupa la central nuclear de Metsamor, que es completamente obsoleta, del mismo tipo que la de Chernóbil", dijo el canciller a Sputnik.
La instalación situada en la localidad de Metsamor (a unos 30 kilómetros al sur de Ereván) empezó a operar en 1976, trece años después fue paralizada tras un devastador terremoto que se cobró 25.000 vidas.
Volvió a operar en 1995 debido a la crisis energética que vivió el país.
En marzo de 2014 el Gobierno armenio anunció su propósito de extender otros diez años la vida útil de la central que vencía en 2016 después de que patinaran los planes para construir un reactor moderno.
"Si ocurre algo, se verán afectados todos los países de la región y no solo Armenia", advirtió Mammadyarov.
La corporación rusa de energía nuclear Rosatom prevé empezar en 2017 los trabajos para prolongar el funcionamiento de la planta que produce la tercera parte de la electricidad que requiere Armenia.
Además declaró que Bakú está dispuesto a participar en una reunión entre los titulares de Exteriores de Rusia, Azerbaiyán y Armenia para examinar la situación en Nagorno Karabaj.
"La idea se expuso cuando estaba de visita en Moscú, (el ministro de Exteriores de Rusia) Serguéi Lavrov ofreció celebrar una reunión trilateral entre los ministros de Exteriores de Rusia, Azerbaiyán y Armenia, yo dije que estaba dispuesto", indicó en una entrevista con Sputnik.
El conflicto entre Ereván y Bakú se desencadenó después de que Nagorno Karabaj, un enclave de población mayoritariamente armenia, decidiera independizarse en 1988 de la República Socialista Soviética de Azerbaiyán.
Bakú perdió el control sobre Karabaj y siete distritos adyacentes tras la escalada de las hostilidades entre 1992 y 1994.
Para impulsar una solución negociada del conflicto se instituyó en 1994 el llamado Grupo de Minsk, copresidido por EEUU, Rusia y Francia.
Azerbaiyán insiste en recuperar su integridad territorial, mientras que Armenia defiende los intereses de la autoproclamada República de Nagorno Karabaj, que no es parte de las negociaciones.
