"Necesitamos una cooperación más profunda con Alemania y su apoyo en la lucha contra los miembros de la FETO", dijo Yildirim en una rueda de prensa con la canciller alemana, Angela Merkel.
Yildirim admitió que los agentes de seguridad turcos pueden cometer errores "involuntarios" en la lucha contra la organización de Gulen.
Turquía vivió la noche del 15 de julio un fallido golpe militar que se saldó con más de 240 muertos y casi 2.200 heridos.
Miles de militares, policías, jueces, funcionarios y profesores fueron suspendidos, detenidos o están siendo investigados.
Las autoridades turcas acusaron a Gulen, autoexiliado en EEUU, de haber organizado el amotinamiento.
Gulen rechazó de plano la acusación de estar detrás de la asonada y propuso establecer una comisión internacional para investigarla.