Si bien este aspecto no fue un punto de negociación, en forma paralela se adelantó en las Fuerzas Militares "un esquema que cumpliera con un principio fundamental: buscar el máximo de justicia que nos permita la paz, y para los miembros de la Fuerza Pública, el máximo de los beneficios que nos garantice la seguridad jurídica", dijo Santos, según un despacho de presidencia.
De esa misma ley de amnistía también se beneficiarán los integrantes de la guerrilla de las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia).
"En cualquier circunstancia, los miembros de nuestras Fuerzas Armadas, soldados y policías, no quedarán en condiciones inferiores en materia de la aplicación de la justicia transicional comparado con lo que se les va a dar a los miembros de la guerrilla", dijo Santos.
Entre los beneficios que contempla el esquema de justicia transicional para militares y policías se cuenta la libertad condicional inmediata para quienes al momento del proceso ya hayan cumplido cinco años con privación efectiva de la libertad.
De acuerdo con el general Jaime Ruiz Barrera, presidente de la Asociación Colombiana de Oficiales en Retiro de las Fuerzas Militares, "una vez entre en funcionamiento este esquema, alrededor de 1.000 miembros de la Fuerza Pública podrían quedan en libertad y otros 1.000 saldrían de sus sitios de reclusión para unidades militares", según declaraciones entregadas al diario local El Espectador.