El horario de votación en los 5.000 centros habilitados se extenderá hasta las 16:00 hora local (21:00 GMT), y la Oficina Nacional de Procesos Electorales tiene previsto su primer reporte oficial a las 21:00 (02:00 GMT).
Más de 880.000 peruanos habilitados a votar en el exterior ya comenzaron a sufragar horas antes.
Si ningún candidato obtiene más de un 50 por ciento de los sufragios, los dos más votados volverán a competir el 5 de junio.
El triunfador de la segunda vuelta juramentará en julio, así como los congresistas electos.
Los comicios comenzaron a desarrollarse con normalidad este domingo, a pesar de la tensión generada por un ataque terrorista el sábado en la región de Junín contra uniformados que se dirigían a custodiar material electoral.
Al menos un civil y dos militares murieron en la emboscada, presuntamente perpetrada por miembros del grupo Sendero Luminoso.
La Organización de Estados Americanos condenó el ataque.