"Esta detención, como lo comprometí, habría de suceder", señaló el mandatario.
Guzmán fue recapturado este viernes por un equipo integrado por elementos del ejército y la armada de México, dijo el presidente.
El narcotraficante se había fugado de una cárcel de máxima seguridad mexicana el 11 de julio, en una acción que Peña Nieto calificó entonces de "afrenta al Estado".
Logro en favor del estado de derecho
Durante su alocución el jefe de Estado mexicano saludó a quienes participaron en el operativo y destacó el trabajo para dar con Guzmán, quien fue capturado en un hotel del municipio Mochis, en su estado natal de Sinaloa (noroeste).
El presidente extendió su reconocimiento "institucional y personal" y "el reconocimiento de todo México" a quienes participaron del operativo.
"Son un orgullo para toda la nación", añadió.
Con la captura de Guzmán, son 98 de un total de 122 de los delincuentes más buscados que ya no representan una amenaza para la sociedad mexicana, dijo Peña Nieto.
El presidente dijo que su Gobierno continuará persiguiendo al crimen organizado, y que para ello cuenta "con el respaldo de millones de mexicanos que buscan vivir en un país de leyes y libertades".
Los ciudadanos, continuó el mandatario, pueden confiar en su Gobierno.
"Frente a grandes retos nacionales, los mexicanos cuentan con un Gobierno decidido y determinado a construir un mejor país", señaló, e insistió en que las instituciones demostraron que "están a la altura, que tienen determinación y fortaleza para cualquier tarea que les sea encomendada".
Entonces llevaba trece años prófugo, tras evadirse oculto en un carro de ropa sucia de la prisión de máxima seguridad del estado de Jalisco (centrooeste), en el año 2001.
Ese año, pasó a integrar la lista de los hombres más buscados de Estados Unidos, después de Osama Bin Laden.
Guzmán es el único hombre que se ha escapado dos veces de una cárcel de máxima seguridad en México.