Pese a que se tiene certeza que tanto Rodríguez como Franco salieron con vida del Palacio de Justicia, no existen pruebas de la responsabilidad directa de Plazas Vega en su desaparición, la cual se habría dado luego de que fueron conducidos a batallones del Ejército en Bogotá, donde habrían sido torturados para que aceptaran su participación en la toma del Palacio y posteriormente asesinados y sus cuerpos desaparecidos.
Las investigaciones a Plazas Vega le permitieron concluir a la Corte Suprema que el coronel no tuvo el poder para ordenar el traslado de las personas que salieron del Palacio, y que esa responsabilidad recae en el entonces comandante de la Brigada XIII del Ejército, general Jesús Armando Arias Cabrales, actualmente condenado a 35 años de prisión por estos mismos hechos.
El pasado 20 de octubre, la Fiscalía General de Colombia anunció que después de 30 años de ocurridos los hechos en el Palacio de Justicia, logró identificar los restos de tres personas que habían desaparecido en la retoma del recinto entre el 6 y el 7 de noviembre de 1985, luego de que la sede fue ocupada por un comando del M-19 que pretendía adelantarle un juicio político al entonces presidente de la República, Belisario Betancur (1982-1986).
Los hechos culminaron 27 horas después, luego de que los militares pusieron en marcha el Plan Tricolor, pero en el desarrollo de las operaciones 98 personas murieron, entre ellas once magistrados, al tiempo que once personas más fueron dadas por desaparecidas.
En diciembre de 2014, la Corte IDH condenó al Estado Colombiano por la desaparición de aquellas once personas y la retención ilegal y tortura de otros cuatro civiles en el Palacio de Justicia. Según el organismo internacional, "los sospechosos eran separados de los demás rehenes, conducidos a instituciones militares, en algunos casos torturados, y su paradero posterior se desconocía".
Además, para la Corte IDH quedó probado que "bajo la dirección de funcionarios militares, las autoridades alteraron gravemente la escena del crimen y cometieron múltiples irregularidades en el levantamiento de los cadáveres".
