Las relaciones entre ambas naciones se deterioraron después de que un caza turco derribara el 24 de noviembre en territorio sirio un avión militar ruso que retornaba a su base tras bombardear objetivos terroristas.
La mayoría de los 44 centros rusos de enseñanza superior que cooperaban con las universidades otomanas, han rescindido los acuerdos y ahora los estudiantes que viajaron a Turquía en el marco de programas de intercambio deberán regresar.
"Es incorrecto proyectar esta tensión en el área de la educación que estrecha los vínculos entre los países y es un factor importante de la paz", comentó el YÖK en una declaración.
Además llama a apartar la cooperación en el ámbito de la educación de las discrepancias políticas y aboga por proseguir los nexos científicos entre los dos países.
El YÖK ha recordado que en Rusia se están formando 310 ciudadanos turcos que trabajarán en la central nuclear de Akkuyu.
En el país europeo estudian más de un millar de alumnos de las universidades otomanas.