"Si esta lucha se libra seriamente, podría durar más de diez años", dijo Wüstner en declaraciones al primer canal de la televisión pública alemana.
Wüstner también llamó a aprender de los errores de despliegues anteriores en Irak, Libia o Afganistán.
El Ejecutivo de Angela Merkel ha aprobado la mañana de este martes la intervención del Bundeswehr en Siria en apoyo a la misión antiterrorista de los aliados occidentales.
"La contribución alemana sirve a la lucha contra el terrorismo en el marco de la alianza contra el Estado Islámico (EI) y en apoyo en especial de Francia, Irak y la alianza internacional en su lucha contra el EI", según el comunicado oficial.
La medida aún ha de someterse a la votación del Bundestag (Parlamento).
La decisión de Alemania fue avanzada la semana pasada por Henning Otte, portavoz de los conservadores en el Bundestag.
"No solo reforzaremos la misión para la formación de instructores en el norte de Irak, sino en Siria aumentaremos nuestro compromiso en la lucha contra el Estado Islámico con RECCE-Tornado de reconocimiento", anunció Otte.
La intervención, que ha sido criticada por La Izquierda y Los Verdes, así como por organizaciones pacifistas, se realizaría alegando el derecho a la "autodefensa colectiva recogido en el artículo 51 de la Carta de las Naciones Unidas".
La misión de apoyo de Alemania a Francia y los aliados occidentales en su intervención en Siria contra el Estado Islámico (Daesh en árabe) costará 134 millones de euros, la segunda más cara de la historia del Bundeswehr, según un cálculo oficial.
El mandato de la misión sería limitado y se extendería en un principio hasta el 31 de diciembre de 2016.