El misil fue lanzado sobre las 11.30 hora local (02.30 GMT) frente a la costa este de la península de Corea, según el comunicado que cita la agencia Yonhap.
En una nota posterior, los militares surcoreanos afirmaron que este nuevo lanzamiento resultó fallido durante la fase inicial del vuelo.
El Estado Mayor Conjunto surcoreano expresó su condena enérgica a "semejantes acciones provocativas de Corea del Norte".
El anterior lanzamiento de un misil desde un submarino fue llevado a cabo por Pyongyang en abril; la agencia oficial KCNA comunicó que la prueba había sido un éxito, mientras que militares de Corea del Sur, Japón y Estados Unidos afirmaron que terminó en fracaso, ya que el misil cayó tras volar solo 30 kilómetros.
Las tensiones en la península de Corea se acrecentaron desde que Pyongyang realizó un ensayo nuclear y lanzó un misil de largo alcance a principios de año.
El pasado 2 de marzo, el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó unánimemente la resolución 2270 que endurece las sanciones contra Pyongyang para que renuncie a su programa nuclear y lanzamientos balísticos, ya prohibidos por resoluciones anteriores del organismo.